Monday, October 16, 2006

几个关于发育、进化的网址

中山大学的生命科学基础,其中进化部分可作为提纲性的参考。
http://jpkc.sysu.edu.cn/jpkc/xdsmkx/netcourse/index.htm

RNAi Codex

RNAi Codex是一个RNAi的数据库,它收集了公开的RNAi资源,目前包括Hannon-Elledge shRNA库(人和鼠)。其他数据还在增长之中。

不知这些数据是否可以被纳入gene ontology的范畴之内。

Wednesday, October 11, 2006

实验室业余化尸指南

不知道谁家壁橱里就有加骷髅呢!网上有人在研发“化尸水 ”,此外,还有北大的传说

学化学的因梦MM,讲述其研究室的趣事,转载部分。

你听过北大化学七大恐怖药品么?传说着世界上有种液体,叫做化尸水,对无机物作用 不大,专门能溶解有机物。在很久很久以前,有人说民国有人说解放初,北大就发生过一次事件,一男生与女生相恋至深,女却狠心将男抛弃,男更狠心将女化尸 (起码他是这么坦白的),结果警察问这在理论上有无可能?(关系到结案报告该怎么写),当时的化学牛人说:“理论是可能的。”于是此案遂结,然而那人还有 后半句:“但是实际上,并没有人合成出这玩意。” 所以神秘的化尸水就是我们化学界攀登的猪目狼马蜂啊!
当然,从76到8?年间的研究都是断断续续的,直到金庸的小说问世起,化尸水的研究每年都不再间断了。

其一:
实 验室里来了一只小强,众人欢腾竞相捕捉,可怜的小强终于落网,于是我们决定把它化为一滩脓水!优先想到浓硫酸,于是我们为了够劲使用了发烟硫酸(是夏天没 有凝固,发烟硫酸一般是固体)小强进去了,马上死了,却不分解,于是我们决定加点盐酸用强烈的放热让它分解,盐酸进去了,放热超级剧烈,小强还是没事,起 码尸骨尚在,我们大怒!21世纪的有机化学工作者怎么能被清初的海大富比下去?于是我们加了三氯化磷国家一级管制药品,合成沙林毒气的原料之一。液体沸腾 了,颜色变黄了,但是,小强还是没事。于是,师兄说,加浓硝酸!配成王水就不信他妈的它还不溶!结果我们小心翼翼的加进去浓硝酸,一声爆炸……红棕色的烟 雾充斥了通风橱,小强消失了,瓶子里面清亮了,化尸水重现江湖了!

其二:
北大化学楼六层某试验室的抽屉里放着一本“永远的鹿鼎 记”,不知道从什么时候起,那本书成了在实验室里面熬的师兄们的专用消遣书,然后,某师兄拍案而起:“有生之年,不把化尸水配方搞出来!妄做北大有机 人!”导师闻之,曰:“打开组内帐号C:\新建文件夹\1976-?\化尸水。里面有这30年来所有组员自己研制的化尸水的配方,到时候把你的存进去就 行,记得写清楚哪届的。”师兄敬畏的打开,第一行就是导师的名字!

好恐怖啊~~,其实根本没什么!所谓的实验,不过是拿一些常用试剂,比如强酸,强氧化剂,洗液(重铬酸钾+浓硫酸)什么的。真没创意!也不符合原著化尸散“高效、迅速、便携”的原则!人家韦小宝从怀里掏出的是一包药粉,可不是一个玻璃瓶!实验设计者连一种有机酸和酶都没搞到,太不敬业了!(我倒是想看看苦味酸之类只在化学书中见过的东西的效果!)

根据我的推测,要符合化尸散高效、迅速、便携的原则,估计还要依靠微生物大小的固体物质。因为化尸散的性质是:自我扩增!所以,估计只有类似微生物大小的纳米机器人可以实现!为了这一目标,北大化学系还是和材料、微电子、医学专业合作微妙!毕竟自底向上(bottom up)和自顶向下(top down)的思路都不可或缺!

话题回到洗液,这种东西的确很有前途。虽然工业化难度还是有的,但是,实验室规模还是很方便的。任何化学实验室和一些生化、分子生物学实验室都是有洗液/配制洗液的条件和理由的。在实验室杀完人后,还是应当先清理干净现场,然后,找烘干设施,把尸体尽量脱水,减少反应过程中的浓度损失。为了加快进度,可以先行肢解,切作小块。利用红外加热设施是一个很好的选择。不要使用绞碎机或类似的装置,除非你能清理干净所有的组织残块或者你有堂而皇之的理由在调查人员来之前把它报废处理!

干燥后的小块组织能够提高速度。当然,另一种可行的步骤则是:只把骨组织放入洗液的缸中。利用食品级的蛋白酶、肽酶分解其他富含蛋白的组织。要注意反应条件如pH、最适温度、离子强度等等,还不可忽视反应过程中的气体的特殊气味。可以考虑利用通风厨或培养细菌、饲养小鼠或兔子的房间。

上述过程中,可能沾有DNA的仪器,可以考虑用家用漂白液(超市有售)处理。按乙肝病毒的消毒标准设定浓度和时间。利用PCR实验检验是否有残留DNA。如果操作对象是实验室内部人员(比如因为学术纠纷、分赃不均、东窗事发而杀人灭口、毁尸灭迹,)则可免除该项操作。

其他销毁证据的创意还包括但不限于:将小块尸体作为饲料投喂给实验动物,或自己烹制后赠给实验室同仁食用。考虑到不可控、不人道和其他社会心理及伦理问题,对操作条件和烹调水平有一定要求,不能适用于大多数条件。

参考:
国际刑警组织DNA 数据交换与操作手册

Tuesday, October 03, 2006

书签:岛屿效应,保护生态学,生物多样性,分子进化

中国科学院生物多样性委员会的网站上,提供了一系列生态学的文献,包括期刊、学报和电子书籍。大多可以自由下载。

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岛屿效应,生态多样性:

第二篇原理与方法
第六章岛屿生物地理学理论与生物多样性保护
保护生物学
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分子进化:
生物多样性译丛(三)