Sunday, July 23, 2006


Perl大牛Lincoln Stein的(冷泉港)主页上,有这么一个链接:Reactome - a curated knowledgebase of biological pathways。

这个“反应组”知识库首先直观的表示出目前已知的大多数生物途径。从代谢途径中最重要的三羧酸(TCA)循环,到各种级联的磷酸化途径,包括各种信号转导和细胞周期调控,已知、预测、推测的反应途径。查找需要的信息,只需在图上点击鼠标,或者搜索关键词即可。当然,分类目录还是不能少的。

曾经记得生化课本上有一个代谢途径的总图,复杂程度似乎与此图相当。Reactome结合web浏览器的在线版本,使用起来就更加方便了。不过,由于这个网站的Reactionmap单纯借助于简单的cgi重绘,给人停顿的感觉。若能按照AJAX标准另行构建一个像Google Map一样的地图,似乎可用性能增加不少呢!

注:Lincoln Stein还是CPAN上的GD.pm,CGI.pm的作者。