tag:blogger.com,1999:blog-314265382011-11-27T15:27:51.474-08:00Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.comBlogger371100tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-9290663856760954202008-03-15T15:35:00.000-07:002008-03-15T15:41:55.661-07:00

中药或许有用，也或许没用。或许有毒，或许没有。不过这些还是可以验证的。中医的玄学理论却是一个无法厘清瞎疙瘩。历代的理论本来就不明不白，注疏者添油加醋，牵强附会。纵然是现代最时髦的说法——系统科学，也不过是在现代科学上加一个蹩脚的抽象层。然而这个抽象层太过于抽象，以至于忘记了怎么映射到下层的基础——生理学、病理学、分子生物学。在中医理论家还没弄明白怎么能够套上还原论之前，我大概永远也不能相信所谓的中医理论了吧。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-76862515589536493992008-01-21T08:45:00.000-08:002008-01-21T08:48:00.873-08:00

下午才听说BGI/华大基因的杨院士被免职，似乎另有高就。结果晚上就变成类似“双规”的传闻了。中国的名利场真的很神秘，到目前为止，大家也只能依靠小道消息和谣言了解一点事态的发展。会不会发生饶院士一样外放校长，挂职锻炼的事情呢？

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-12457524723449984002008-01-17T08:19:00.000-08:002008-01-17T08:21:30.809-08:00

开会烦不说，一边要治疗，另一半又要下杀手。手上沾的血是洗不掉的！这一真理教育我们，干坏事时要戴手套！

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-65312516808137062482008-01-16T02:34:00.000-08:002008-01-16T02:35:21.216-08:00

最近c57一死一亡。郁闷。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-42223234966227207752007-09-16T05:36:00.000-07:002007-09-16T05:37:55.497-07:00

听说押井守有能力把一个小小的企划搞成复杂的世界观设定和繁杂的故事脉络。我现在倒是面临着类似的困境——会不会把一个小小的Review作业搞成一个庞大的review而无法完工呢？

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-85471231786518712502007-09-15T04:43:00.000-07:002007-09-15T04:48:28.778-07:00

沒有規定字號，就選大的。沒有規定行間距，就自選兩倍半的。沒有規定頁邊距，就自己往中間壓榨一下。回車分段。正文首字母下沉？列表上下文縮進厲害一些。引用使用哈佛格式，而且，人名長的可以多多引幾次。（這樣，引用都是（James，2007）的樣子了。所以人名長一些吃香）待續……

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-46549960940318494882007-09-13T10:30:00.001-07:002007-09-13T10:30:57.924-07:00

but fuckhead!

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-62345705889507360172007-08-23T04:40:00.001-07:002007-08-23T04:58:07.624-07:00

前几天看到Nature的文章，说是老鼠的cdk1自己就可以撑过细胞周期。S期的几个激酶——cdk4/cdk6/cdk2都被敲掉了，而cdk1则独当一面，把有丝分裂进行到底。也许现行的哺乳动物细胞周期调控要重写了。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-51956752365356469982007-06-19T06:55:00.000-07:002007-06-19T06:58:54.706-07:00

利根川原来是日本流域面积最广的河流。原以为诺贝尔奖的得主是姓“利根”的呢。圡啦！

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-11056636326030513072007-06-07T10:28:00.001-07:002007-06-19T07:06:05.361-07:00

发信人: crystaler (民工), 信区: Biology标 题: 忏悔录--大概做生物的PHD 我算是最轻松的了发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 7 06:02:29 2007)看到板上的兄弟姐妹们那么辛苦 先BS一下自己因为老板巨nice 我一般上午都是睡眠中度过的 中午和朋友出去找饭馆吃饭1-2个小时不等回到实验室后花至少一个小时时间浏览文学城和买卖提 看的头晕眼花就去喝午后茶抽午后烟 回来开始工作 2-3小时 大部分都是装样子 然后就去健身房了 两个小时候回家做饭吃饭 晚上或者看电视 找朋友玩 发呆 聊天等等 或者去实验室工作2-3小时（各占50%）周末不是吃饭喝酒就是打牌 偶尔去酒吧club（除非当时有工作任务 我比较想尽早做完）篮球足球跆拳道 全年都有各种比赛 美国除了阿拉斯加 想玩的地方也基本都去了 中间回了4次国 除了一次是公费开会（

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-27792952059935576942007-05-22T04:13:00.000-07:002007-05-22T04:16:34.635-07:00

GFP虽然可以荧光，但是其激发、发射波长却不一定。主要是因为一些突变，造成的波长移动。Wild type GFP from jellyfish has two excitation peaks, a major one at 395 nm and a minor one at 475 nm with extinction coefficient of 30,000 and 7,000 M-1 cm-1, respectively. Its emission peak is at 509 nm in the lower green portion of the visible spectrum. The GFP from the sea pansy exhibits a single major excitation peak at 498 nm. Crystals of GFP

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-57327989233309662782007-05-21T11:35:00.000-07:002007-05-21T11:39:42.903-07:00

使用blast时，一定要检查输出目录的写权限。直接拷贝、untar的目录很可能没有写入权限，却不一定会怀疑到。保险的办法还是chmod -R 755 ./*，不管3721，先能用再说。BTW, 出错的输出是：[blastall] FATAL ERROR: BlastFormattingInfoNew returned non-zero status

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-21573376645664488442007-04-21T11:51:00.000-07:002007-04-21T11:59:44.506-07:00

分子细胞生物学，还有H Yu的论文。似乎H的论文和他以前的某些考题范围还是暗合的。不知道这样押宝是否有意义。复习有的时候真的像是练功，偶尔也会偷点小懒，悟天和特兰克斯合体时不还在时间和精神的房子里面偷懒么？

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-46740195633278643272007-04-18T06:41:00.000-07:002007-04-18T06:47:31.364-07:00

老板的讲义上有关p21等对于CDK们作用的叙述，说“p21他们居然paradoxically正调控了cdk-4,-6”。可是这和教科书上的说法矛盾！考试时到底follow谁的呢？另一个问题在于14-3-3到底跟cyclin-b啥关系。有待弄明白啊！

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-38953879603841365032007-04-06T04:00:00.000-07:002007-04-06T04:01:01.441-07:00

准备Presentation还真是折腾人啊。整个下午就没干别的。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-684103524150349972007-03-27T23:45:00.000-07:002007-03-27T23:48:20.703-07:00

就是同组样本据之间独立。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-84402311577453044762007-03-27T23:43:00.000-07:002007-03-27T23:45:36.127-07:00

你只有三个数据, 然后问一个统计学家 :证明这些数据是正态分布的.好的统计学家不会给你证明,而是会说: 你给我证明它不是正态的.

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-69267169738848648922007-03-26T10:35:00.001-07:002007-03-26T10:35:28.439-07:00

窗外警铃大作，无他，做实验。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-12123552490951891512007-03-26T07:25:00.001-07:002007-03-26T07:25:59.780-07:00

绕过一幢楼都能闻见。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-72595994776845985902007-03-26T05:05:00.000-07:002007-03-26T05:17:43.536-07:00

啥叫成熟的实验室？成熟的实验室的标志就是，要有榔头。即使你的实验室再老，再旧再缺经费，如果让人看到你的实验室里居然还有榔头这样齐全的设施，那么别人当然就会相信你的实验室的专业水准。即便在又老又旧又缺经费的条件下还能备齐榔头这样的设施，那真是多么的专业啊！榔头，一件终极的有用装备，无论是你需要敲下冰箱上的碎冰，还是对离心机进行末日审判或者郁闷的参与针对隔壁的集体pk，对你来说都是不可或缺的。所以，你的实验室最最重要的东西是——榔头。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-428336599824655202007-02-11T22:04:00.000-08:002007-01-31T16:21:09.861-08:00

做个midiprep，以为不会有问题，就没留中间几步的sample，结果得到的全都是linear的plasmid，还要从头再来。FT!看来问题总会出在以为不会出现问题的地方。BTW，我还是没弄清楚QIAGEN到底怎么读。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-87790059489305291612007-01-31T02:36:00.000-08:002007-01-31T16:21:09.947-08:00

今天听了来自澳洲(MONASH)的Michael Kuligowski的presentation，讲的是白细胞（确切地说是（嗜）中性粒细胞）在肾小球发生炎症时是如何recruit的。他的研究主要集中在P-selectin的作用上。最后结论是，neutrophil不是直接在肾小球中急速流动的血流中rolling的。嗜中性粒细胞想要在内皮细胞上rolling，需要血小板的p-selectin。实验中用到了数种gene KO鼠，不过讲的比较快，没记住。另外还用了射线杀死骨髓造血干细胞，然后移植血小板，这点儿没太看明白——他们怎么排除其他血细胞的作用的呢？

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1169170609194475242007-01-18T17:32:00.000-08:002007-01-18T17:36:49.203-08:00

Is this the reason why more than two guys sharing the credit is generally not accepted?

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1168755502735218292007-01-13T21:42:00.000-08:002007-01-13T22:18:23.780-08:00

也许俺的Mantoux Test皮试是白做了。中国的医疗纪录就是成问题啊。大家为了报销，用过的姓名就都是一箩筐。追查小时候生病时的处方和接种过的疫苗就更是Mission Impossible了。至于这个问题，还是那个包治百病的理由——个体差异。http://www.moh.govt.nz/moh.nsf/0/4760DF3580A6F5B5CC256C86006ED394/$File/2.Mantouxtesting.pdfThe effect of BCG vaccination on tuberculin reactivityThe level of reactivity in a vaccinated person is variable, ranging between 0 and 15 mm. Reversion can occur (eg, the reaction

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1166507847460486652006-12-18T21:53:00.000-08:002006-12-18T21:57:27.470-08:00

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1165673295743155532006-12-09T05:30:00.000-08:002006-12-09T06:08:15.763-08:00

按，在中科院听到这则轶事，隐诸君姓名，唯博看官一笑。---------------------------------------------alpha, beta两场答辩，都需要同一间屋子做作会场。alpha场的老师A事先贴条，并同管钥匙的人约好，不见本人不给钥匙。由于预见到beta场的老师B习惯晚来，就没特别早去。结果B提前来抢钥匙，管钥匙的告知，“A已贴条”，B强调，“俺没见着”。几经争执，最后B告诉管钥匙的人：“已经同A协商，A同意使用。”结果，B拿到钥匙，旋即招呼学生，“汝等欲答辩否？速速准备停当！”少顷，本本连上投影仪，A至，郁闷至极。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1164777157011893302006-11-28T21:12:00.000-08:002006-11-28T21:12:37.063-08:00

我们从这里可以得知：在某个年代的美国，实验室里可以狎妓，嬉皮士可以拿学位，《自然》杂质也很水，凡错误越多，成功也就越近，当然假设是正确率一定，而错误多说明尝试次数也很多。天晓得这家伙是不是找到了自己的内心……==================末代沙皇尼古拉二世、1918年的流行性感冒病毒、电影《侏罗纪公园》，以及辛普森杀妻案，这四件事情到底有什么相关？答案是没有。只不过近十 几年来生物技术的一项新发明，把它们给连在一块了。这项技术就是“聚合酶链反应”（polymerase chain reaction，PCR）。 PCR的最大特点，是能将微量的DNA大幅增加。因此，无论是化石中的古生物、历史人物的残骸，还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液，只要能分离出一丁点的DNA，就能用PCR加以放大，进行比对。这也是“微量证据”的威力之所在。 PCR的原理及做法其实不难，它利用

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1163438116638673262006-11-13T09:14:00.000-08:002007-03-24T12:17:44.620-07:00

1 服用后数小时内让咖啡因产生与酒精类似效果的药物！2 构建这样作用的E.coli菌株，命名为咖啡杆菌。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1162528866086920052006-11-02T20:41:00.000-08:002006-11-02T20:45:54.576-08:00

移液器，或者简称为“枪”，经常用来量取实验中需要的少量液体（，一般从0.1uL到1000uL），对于微生物学、分子生物学、遗传学实验，是再普通不过的仪器了。对于国内许多实验室的“枪”，估计大多数人没有什么好印象。首先是不好用，弹簧在长期使用后，弹力减弱，然后就是没有人维护，没有人做定期校正（，正规实验室，特别是要求达到特定标准的专业实验室，都对仪器的定期校准有规定）。这些还不是最糟糕的。很多实验室为了节省经费，都会重复使用回收的旧枪头。蒸煮过后的国产塑料枪头，大多会发生轻微变形，这从整盒的枪头中看的很明显。当然，并非重用枪头，新枪头经过一次高压灭菌（就是放在专用的高压锅里蒸）基本上也有同样的问题。进口枪头要么不需要灭菌，要么加热也没问题。变形的枪头，不仅会造成量取同样体积的液体的液面高度变化，使得实验操作者无法通过目测估计是否正确量取，有的枪头更会造成漏气！吸取好了液体后，必须马上转移，

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中山大学的生命科学基础，其中进化部分可作为提纲性的参考。http://jpkc.sysu.edu.cn/jpkc/xdsmkx/netcourse/index.htm

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1161031425256878332006-10-16T13:35:00.000-07:002006-10-16T13:43:45.263-07:00

RNAi Codex是一个RNAi的数据库，它收集了公开的RNAi资源，目前包括Hannon-Elledge shRNA库（人和鼠）。其他数据还在增长之中。不知这些数据是否可以被纳入gene ontology的范畴之内。

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1160572786109822322006-10-11T05:45:00.000-07:002006-10-11T14:05:32.446-07:00

不知道谁家壁橱里就有加骷髅呢！网上有人在研发“化尸水 ”，此外，还有北大的传说：学化学的因梦MM，讲述其研究室的趣事，转载部分。你听过北大化学七大恐怖药品么？传说着世界上有种液体，叫做化尸水，对无机物作用 不大，专门能溶解有机物。在很久很久以前，有人说民国有人说解放初，北大就发生过一次事件，一男生与女生相恋至深，女却狠心将男抛弃，男更狠心将女化尸 （起码他是这么坦白的），结果警察问这在理论上有无可能？（关系到结案报告该怎么写），当时的化学牛人说：“理论是可能的。”于是此案遂结，然而那人还有 后半句：“但是实际上，并没有人合成出这玩意。” 所以神秘的化尸水就是我们化学界攀登的猪目狼马蜂啊！当然，从76到8？年间的研究都是断断续续的，直到金庸的小说问世起，化尸水的研究每年都不再间断了。其一：实 验室里来了一只小强，众人欢腾竞相捕捉，可怜的小强终于落网，于是我们决定把它化为一滩脓水！

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中国科学院生物多样性委员会的网站上，提供了一系列生态学的文献，包括期刊、学报和电子书籍。大多可以自由下载。＝＝＝＝＝＝＝＝＝岛屿效应，生态多样性：第二篇原理与方法第六章岛屿生物地理学理论与生物多样性保护保护生物学第7 章异质种群动态＝＝＝＝＝＝＝＝＝分子进化：生物多样性译丛(三)

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1157602740067900382006-09-06T21:19:00.000-07:002006-09-06T21:19:00.096-07:00

shininglake : 读书偶得:另一个是关于质粒电泳的三条带。以前看书都说从迁移速度来看最快的是超螺旋，其次是线状，最后是开环。这本书上说后两者的先后顺序是不一定的，很大程度上决定于缓冲液体系和离子强度。该书没有给出参考文献。其实有些参考书看完以后更加不明确了。比如，最简单的碱裂解法提大肠杆菌质粒，某一个步骤《分子克隆》3rd Ed.上和《Current Protocols》完全相反，一个要强烈震荡，一个说不能震荡。其实，可能都可以做出来。实验么，不违反大的方针，不出现非常奇异的结果，真正有几个人会管你这些protocol的细节呢？

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1156862399211818592006-08-29T07:39:00.000-07:002006-08-29T07:39:59.446-07:00

发信人: tongjins (腺病毒), 信区: LifeScience标 题: Re: 请问一下琼脂糖和琼脂粉有什么区别？发信站: 水木社区 (Tue Aug 29 17:02:10 2006), 站内呃，以前读硕士的时候很穷，我们这里有牛人用琼脂粉跑电泳的，分离效果差不多，就是染色出来背景很高....PS：还有更牛的穷人，用唾液代替蛋白质MARKER......为那些拼命招生的穷鬼老板脸红一下......【 在 biotiger (小胡子) 的大作中提到: 】: 如果实验室钱很多，可以用琼脂糖替代琼脂粉:): 但核算电泳就不能用琼脂粉，电泳为了分离效果一定要纯，琼脂粉杂质太多

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1154949918033316102006-08-07T04:24:00.000-07:002006-08-07T04:25:18.043-07:00

俺蹭某课，老师讲到：“四种碱基分别是：鸟嘧啶，腺嘧啶，胞嘧啶，胸腺嘧啶”Orz~.

Zhangchnhttp://www.blogger.com/profile/14949754465779636912noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-31426538.post-1153689178346722082006-07-23T14:12:00.000-07:002006-07-25T20:59:32.410-07:00

在Perl大牛Lincoln Stein的(冷泉港)主页上，有这么一个链接：Reactome - a curated knowledgebase of biological pathways。这个“反应组”知识库首先直观的表示出目前已知的大多数生物途径。从代谢途径中最重要的三羧酸(TCA)循环，到各种级联的磷酸化途径，包括各种信号转导和细胞周期调控，已知、预测、推测的反应途径。查找需要的信息，只需在图上点击鼠标，或者搜索关键词即可。当然，分类目录还是不能少的。曾经记得生化课本上有一个代谢途径的总图，复杂程度似乎与此图相当。Reactome结合web浏览器的在线版本，使用起来就更加方便了。不过，由于这个网站的Reactionmap单纯借助于简单的cgi重绘，给人停顿的感觉。若能按照AJAX标准另行构建一个像Google Map一样的地图，似乎可用性能增加不少呢！注：Lincoln

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